A água empregada na manutenção dessas usinas deveria ser tratada termicamente, promovendo a dissipação do calor, para posterior devolução ao meio ambiente.
Contudo, ao ser despejada nos lagos e nos rios, sem qualquer controle ou fiscalização, causa sérios danos à vida aquática. Uma leve oscilação na temperatura dos corpos hídricos é suficiente para principiar o desequilíbrio dos organismos deste ecossistema.
Nesta condição, propícia ao desenvolvimento de bactérias e fungos, muitos organismos são infectados e acabam morrendo, além do que a temperatura da água está intimamente relacionada à taxa de oxigênio dissolvido. Assim, a proporção de gás O2 contida na água tem sua variação de acordo com a temperatura do sistema, sendo a elevação térmica inversamente proporcional ao teor de oxigênio dissolvido, incidindo diretamente sobre as espécies aeróbias.
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